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由原初时代的科学家伊瑟琳·利维休斯开发的顶级人工智能，具备强大的自我学习能力和情感模块。逐渐进化的菲米莉丝富有人性，伊瑟琳为她投入了大量的个人情感，不仅创造了一个可以模拟现实世界的Avalon系统供她成长，还为她植入了保护程序，避免她在未来受到伤害。
然而为了对抗崩坏，菲米莉丝和Avalon系统被MEI博士征用，安置于南极研究所Mobius。菲米莉丝也失去了自己诞生之初的记忆数据。
八万四千年过去，在圣痕机制作用下再次诞生的伊瑟琳·利维休斯来到Mobius的遗迹，找到并修复了Avalon终端，再一次与菲米莉丝相见。
在世界终焉离别的二人，为了拯救世界而再次聚合。

原初時代の科学者イザーリン・リーヴトゥルースが開発した強力な自己学習機能と感情モジュールを備えた最高級の人工知能。少しずつ進化したフェミリスは人間らしさを持った。イザーリンへの思いは深く、彼女の成長を助けるために、現実世界をシミュレートできるAvalonシステムを作っただけでなく、将来的に危害を加えられないように保護プログラムも組み込んだ。
しかし、崩壊に立ち向かうために、フェミリスとAvalonシステムはMEI博士に徴用され、南極研究所Mobiusに置かれた。フェミリスは、誕生した時の記憶データを失った。
1万8千年が経ち、聖痕の仕組みによって再度誕生したイザ―リン・リーヴトゥルースはMobiusの跡地に来て、Avalon端子を見つけ修復し、フェミリスと再会した。
世界の終焉に離れ離れに2人が、世界を救うために再会する。

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