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由原初时代的科学家伊瑟琳·利维休斯开发的顶级人工智能，具备强大的自我学习能力和情感模块。逐渐进化的菲米莉丝富有人性，伊瑟琳为她投入了大量的个人情感，不仅创造了一个可以模拟现实世界的Avalon系统供她成长，还为她植入了保护程序，避免她在未来受到伤害。
然而为了对抗崩坏，菲米莉丝和Avalon系统被MEI博士征用，安置于南极研究所Mobius。菲米莉丝也失去了自己诞生之初的记忆数据。
八万四千年过去，在圣痕机制作用下再次诞生的伊瑟琳·利维休斯来到Mobius的遗迹，找到并修复了Avalon终端，再一次与菲米莉丝相见。
在世界终焉离别的二人，为了拯救世界而再次聚合。

原初時代の科学者イザーリン・リーヴトゥルースが開発した強力な自己学習機能と感情モジュールを備えた最高級の人工知能。少しずつ進化したフェミリスは人間らしさを持った。イザーリンへの思いは深く、彼女の成長を助けるために、現実世界をシミュレートできるAvalonシステムを作っただけでなく、将来的に危害を加えられないように保護プログラムも組み込んだ。
しかし、崩壊に立ち向かうために、フェミリスとAvalonシステムはMEI博士に徴用され、南極研究所Mobiusに置かれた。フェミリスは、誕生した時の記憶データを失った。
1万8千年が経ち、聖痕の仕組みによって再度誕生したイザ―リン・リーヴトゥルースはMobiusの跡地に来て、Avalon端子を見つけ修復し、フェミリスと再会した。
世界の終焉に離れ離れに2人が、世界を救うために再会する。

태초의 과학자 이자린·리브트루스가 개발한 강력한 자가학습 기능과 감정 모듈을 지닌 최고급 인공지능. 점차 진화한 페미리스는 인간성을 획득. 이자린에 대한 애정이 깊어, 그녀의 성장을 위해 현실 세계를 시뮬레이션하는 Avalon 시스템 제작과 함께 미래의 위협으로부터 보호하는 프로그램도 내장
그러나 붕괴에 맞서기 위해 페미리스와 Avalon 시스템은 MEI 박사에게 귀속되어 남극 연구소 Mobius에 배치. 페미리스는 탄생 당시 기억 데이터를 상실
1만 8천년 후, 성흔 시스템으로 재탄생한 이자린·리브트루스가 Mobius 유적에서 Avalon 단말기 발견 및 수리, 페미리스와 재회
세계 종말기에 흩어진 두 사람이 세계 구원을 위해 재결합.